Curso de Visualización y Modelado de Proteínas con UCSF Chimera
Duración: 4 semanas (24 horas)
Inicio: Inmediatamente (una vez recibiendo el pago)
Validez oficial/curricular de la red SEP-CONOCER EC0301
Masterclass (webinar): PRÓXIMAMENTE
Registro: https://www.pharbiois.com/contacto
Modalidad: 100% online en en google cassroom y/o https://pharbiois.milaulas.com/
Idioma: Español
SOBRE EL CURSO
En este curso aprenderás a visualizar proteínas en estructura primaria (secuencias) y en tercera dimensión para análisis de alineamiento múltiple, análisis de datos estructurales así como su aplicación en acoplamiento molecular (docking) usando herramientas computacionales gratuitas en los tres principales sistemas operativos. Todo esto mediante UCSFChimera.
TEMARIO
I. Presentación
A. Las ventajas de usar UCSF Chimera para el análisis de estructuras obtenidas por difracción de rayos X
II. UCSF Chimera (1.16)
A. ¿Qué es UCSF Chimera?
B. ¿Cómo funciona?
C. ¿Con qué estructuras funciona?
III. Ventanas básicas
A. Ventana principal
B. Ventana de modelos
C. Ventana lateral
D. Generalidades de otras ventanas
IV. Uso del ratón
A. Tipo de interacciones con el ratón
B. Como modificar la interacción usando el ratón
C. Limitaciones
V. Visualización básica e interacción.
A. Listones, hélices, láminas.
B. Estructura secundaria por colores
C. Átomos, esferas, esferas con escala y más
VI. Visualizaciones predefinidas.
A. Estructura secundaria
B. Todos los átomos.
C. Superficie hidrofóbica.
D. Siluetas, color de fondo, niebla y más.
E. Archivado de imagen.
F. Archivado de representación.
VII. Etiquetas y colores.
A. Selecciones de átomos, residuo, y molécula.
B. Etiquetar y configuración de la etiqueta.
C. Colores de la selección.
VIII. Distancias, puentes de hidrógeno y contactos
A. Selección de átomos o centroides.
B. Selección de átomos, ínter-molécula o intramolecular.
C. Selección he interpretación.
D. Archivado.
IX. Ángulos, rotameros y choques.
A. Selección de átomos.
B. Selección y modificación.
C. Selección de átomos e interpretación.
X. Superficies y atributos.
A. Cálculo de superficies
B. Representación de superficies
C. Mapeo de propiedades a la superficie.
XI. Superposición de estructuras y secuencias.
A. Superposición de monomeros
B. Superposición de multímeros
C. Superposición de secuencias
XII. Análisis de estructuras, ligandos y heteroátomos.
A. Aplicando los principios aprendidos.
XIII. Preparación y reparación de estructuras para docking.
A. Remoción del solvente.
B. Remoción de iones.
C. Reemplazo de cadenas laterales.
D. Adición de hidrógenos.
E. Adición de cargas
XIV. Visualización de resultados de docking (autodock, vina o ADFR)
A. Autodock Vina
B. ViewDock
XV. Archivado de resultados.
A. Salvado de sesiones.
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