En este diplomado se verá de forma integral la bioinformática de secuencias y estructural en donde se incluye bioinformática general, modelado molecular, inmunoinformática, acoplamiento (docking) y dinámica molecular, además de revisar los conceptos, el alumnos irá realizando la practica de forma conjunta con el profesor de forma asincrónica.

 

PROGRAMA

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Módulo 1

Bioinformática General (módulo actualizado)

1. Presentación del curso

2. Arquitectura de Computadores

3. Sistemas Operativos

4. Generalidades Linux

5. Introducción a las Redes

6. Programación Perl para Bioinformática

7. Conceptos generales de biología de ácidos nucleicos y proteínas

8. OMICS: Proteómica, metabolómica, lipidómica

9. Sistemática y Evolución (árboles filogenéticos) 

10. Quimioinformática (pequeñas-moléculas)

11. Bases de datos moleculares (macro-molécules)

12. Comparación de Secuencias biológicas-1

13. Comparación de Secuencias biológicas-2

14. Comparación de Secuencias biológicas y alineamiento múltiple

15. Identificación de Genes

16. Análisis de Variación Poblacional (SNPs)

17. Fundamentos de Biotecnología (microarreglos)

18. Estadística bioinformática 

19. Ejercicio final (alineamiento múltiple, árboles filogenéticos etc con proteína de su interés).

Módulo 2

Modelado Molecular (módulo actualizado)

1. Presentación del curso

2. Grupos Funcionales, Cargas atómicas, conformación y configuración, LogP, Efectos electrónicos y estéricos

3. Descriptores químicos y QSAR 

4. Descripción de aminoácidos y Estructura de proteínas

5. Conceptos de inmuno-informática

6. Diseño de fármacos considerando propiedades ADMET, virtual screening, PCAs y Drug screening workflow systems 

7. Mecánica molecular (generalidades)

8. Métodos semi-empíricos y Mecánica cuántica

9. Conceptos de folding (plegamiento de proteínas)

10. Docking ligando-proteína 

11. Docking macromolecular-macromolécula (proteína-proteína)

12. Dendrímeros como nano-acarreadores

13. Principios básicos de Dinámica molecular

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Módulo 3

Inmunoinformática

1. Inmunidad innata y adaptativa

2. Reconocimiento de péptidos por MHC 

3. MHC-Péptidos-TCR

4. Estudios de QSAR en MHC

5. Criterios para selección de proteína antigénica

6. Búsqueda de secuencias y alineamiento múltiple para obtención de secuencia consenso

7. Búsquedas en bases de datos de estructuras terciarias

8. Construcción y refinamiento de proteínas

9. Evaluación de una estructura terciaria

10. Predicción de epítopes lineales e inmunoproteosoma

11. Predicción de epítopes conformacionales

12. Obtención de epítopes usando complejos proteína-anticuerpo

13. Construcción e tercera dimensión y refinamiento estructural de epítopes

14. Estudios de acoplamiento sobre MHC-I y MHCII

15. Dendrímeros como nanoacarreadores de péptidos

16. Estudio de acoplamiento péptido-dendrímero

 

Módulo 4

Acoplamiento molecular (docking)

1. Presentación

2. Grupos-funcionales-conformación-configuración

3. Propiedades fisicoquímicas

4. Propiedades ADMET

5. Interacciones-no-covalentes

6. Scoring-Sampling-Function (exploración y cálculo de energía)

7. Preparación-Ligandos-docking

8. Obtención-blanco-para-docking

9. Instalación-Autodock-ADT-preparación-archivos

10. Continuación-preparación-archivos para docking

11. Análisis de resultados de docking

12. Continuación-análisis-docking-validación

13. Validación-docking

14. Validación-docking-final

15. ACTIVIDAD FINAL

Módulo 5

Dinámica molecular en proteína

1. Presentación.

2. Estructura de proteínas.

3. Aplicación de dinámica molecular (DM) en el área farmaceútica.

4. Aplicación de DM en el área biotecnológica.

5. Generalidades sobre Campos de Fuerza (force fields).

6. Conceptos, (RMSD, RMSF, Rg, superficies accesibles a solvente, cambios conformacionales).

7. Ejercicios de visualización con VMD.

8. Archivos requeridos para una DM.

9. Preparación de archivos para correr DM.

10. Minimización de estructura para DM.

11. Simulación de DM en NAMD.

12. Continuación de simulación de DM en NAMD.

13. Análisis de resultados por VMD.

14. Análisis de resultados por CARMA.

Continuación de análisis de resultados por CARMA y fin del módulo.

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