Curso de Docking Flexible Proteína-Ligando con AutoDock
Validez oficial/curricular por la red SEP-CONOCER ECO301
Duración: 4 semanas (24 horas)
Inicio de curso: Inmediatamente (recibiendo el pago)
Masterclass (webinar) GRATIS: PRÓXIMAMENTE
Registro: https://www.pharbiois.com/contacto
Modalidad: 100% online, asincrónico: google classroom o https://pharbiois.milaulas.com/
Idioma: Español
Acerca del curso
En este curso aprenderás a preparar archivos y hacer análisis de resultados de acoplamiento molecular proteína-ligando mediante la plataforma ADFR (AutoDock for Flexible Receptors), programa sucesor de Autodock y Autodock vina.
Programa
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Presentación
A. Interacciones proteína ligando, cambios conformaciones y catálisis
II. Línea de comandos básica
A. Determinar la ubicación de los archivos
B. Listar los archivos
C. Visualización básica
D. Nomenclaturas recomendadas
E. Trabajo remoto
III. Introducción a ADFR
A. ¿Qué es AGFR/ADFR?
B. ¿Por qué ADFR?
C. Ventajas y limitaciones
IV. Obtención de los archivos básicos
A. RCSB, base de datos de proteínas
B. Estructuras determinadas por rayos X
C. UCSF Zinc
1. Estructuras novedosas (Avogadro)
V. Validación energética (Avogadro y UCSF Chimera)
A. Remoción de heteroátomos
B. Remoción de moléculas de agua
C. Conformaciones alternativas de cadenas laterales
D. Fragmentos ausentes y numeración de la secuencia
E. Minimización de energía (proteínas, UCSF Chimera)
F. MInimización de energía (ligandos, Avogadro)
VI. Estructura de los archivos de docking
A. PDBQT de proteína
B. PDBQT de ligando
VII. Preparación de los archivos de entrada (línea de comandos)
A. prepare_receptor
B. prepare_ligand
VIII.AGFRGUI
A. Receptor
B. Caja (acoplamiento ciego)
C. Cavidades
D. Ligando (acoplamiento dirigido)
E. Átomos representados en las mallas de docking
IX. Acoplamiento de proteína rígida
A. ADFR
B. Nombre del “trabajo”
C. Número de ejecuciones
D. Número de evaluaciones
E. Número de núcleos a usar
X. Controles negativos
A. ¿Qué son?
B. ¿Quienes son?
C. Limitaciones
XI. Controles positivos
A. ¿Quienes son?
B. Limitaciones
XII. Estadística y convergencia
A. Análisis y visualización de los resultados
XIII.Acoplamiento de proteína con cadenas laterales flexibles.
A. ¿Cómo hacerlo?
B. ¿Por qué hacerlo?
C. Precauciones
XIV.Análisis visual en UCSF Chimera
A. Tips y trucos para usar los archivos PDBQT
XV. Actividad Final
Nota: Se califica con actividades en rcampùs.com (70%) y ejercicio final (30%), la constancia se entrega con calificación numérica de 1-10.
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