Este curso te proporcionará los conocimientos fundamentales sobre la estructura de proteínas y su relevancia en un entorno lipídico, especialmente para proteínas transmembranales. Aprenderás a insertar una proteína en una membrana y a ejecutar una dinámica molecular de un sistema con estas características.

Además, realizarás el análisis de resultados clave, como RMSD, radio de giro (Rg), RMSF, interacciones no covalentes proteína-lípido y cambios conformacionales. Para aprovechar este curso al máximo, es recomendable contar con conocimientos previos en estructura terciaria de proteínas, membranas lipídicas y manejo básico de Linux en modo texto.

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TEMARIO

Presentación del módulo y examen diagnóstico

Unidad I: Conceptos básicos sobre proteínas ( 3 horas)

1. Proteínas

   • Las proteínas

   • Importancia de las proteínas como biomoléculas

   • Propiedades y clasificación de los aminoácidos

   • Niveles estructurales de las proteínas

   • Relación estructura y función en las proteínas

 

Unidad II: Dinámicas Moleculares proteínas-ligando (6 horas)

1. Aplicación de la dinámica molecular para el estudio de biomoléculas

2. Conceptos sobre dinámicas moleculares

   • Definición de dinámica molecular

   • Descripción general de la metodología

   • Campo de fuerza y parámetros

   • Algoritmos

   • Condiciones periódicas

   • Controles de temperatura y presión

3. Introdución al programa NAMD (NAMD como paquete de dinámica molecular)

   • Generalidades sobre NAMD

   • Generación del sistema de simulación

   • Análisis de la estructura inicial

   • Neutralización de la carga del sistema

   • Solvatación del sistema de simulación

   • Establecimiento de la rutina de simulación

   • Descripción de las fases de un algoritmo de simulación

   • Generación de archivos de entrada (inputs) para la simulación

   • Hacer ejercicio para correr una dinámica corta

4. Proteína-Ligando.

 

Unidad III: Análisis de las Dinámicas moleculares (6 horas)

1. Análisis de simulaciones con Carma

2. Introducción a Carma

   • Descripción de un archivo de entrada

   • Cálculo y análisis de Desviación cuadrática media( RMSD)

   • Cálculo y análisis de Radio de giro (RG)

   • Cálculo y análisis de Fluctuación cuadrática media (RMSF)

   • Agrupamiento de estructuras

   • Cálculo y análisis de componentes principales (PCA)

   • Cálculo de energía libre de los ligandos en Dinámica molecular

3. Análisis de datos de dinámica proteína-ligando con VMD

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