Este curso te permitirá aprender conceptos sobre estructura de proteínas, además de la importancia de las proteínas en un entorno lipídico para todas aquellas proteínas transmembranales, harás ejercicios para insertar la proteína en membrana y correr una dinámica de un sistema con estas características además de analizar tus resultados cómo RMSD, Rg, RMSF, interacciones no covalentes proteína, cambios conformacionales, etc. Para realizar este curso se requiere tener conocimientos en estructura terciaria de proteínas, conocimientos en membranas lipídicas, manejo básico de linux en modo texto. 

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TEMARIO

Presentación del curso y exámen diagnóstico

Unidad I: Conceptos básicos sobre proteínas y membranas ( 3 horas)

1. Biomoleculas

   1. Importancia de las membranas como biomoleculas

   2. Importancia de las proteínas como biomoleculas

   3. Propiedades y clasificación de los aminoácidos

   4. Niveles estructurales de las proteínas

   5. Relación estructura y función en las proteínas

 

1. Métodos de determinación estructural de proteínas

   1. Métodos de determinación estructural

      1. Cristalografía de rayos X 

      2. Resonancia magnética nuclear 

      3. Cryo-electro microscopía.

      4. Instalación de VMD, NAMD y CARMA (asincrónico)

 

 

Unidad II: Dinámicas Moleculares proteinas transmembranales (6 horas)

1. Aplicación de la dinamica molecular para el estudio de biomoleculas

2.  Conceptos sobre dinámicas moleculares

   1. Definicion de dinamica molecular

   2. Descripción general de la metodología

   3. Campo de fuerza y parametros

   4. Algoritmos

   5. Condiciones periódicas

   6. Controles de temperatura y presión

 

Unidad III: Introdución a los programas de dinamica molecular

1. NAMD

2. Amber

3. Gromacs

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1. NAMD como paquete de dinamica molecular

   1. Generalidades sobre NAMD

   2. Generación del sistema de simulación

      1. Analisis de la estructura inicial

      2. Neutralización de la carga del sistema

      3. Solvatación del sistema de simulación

      4. Establecimiento de la rutina de simulación

      5. Descripción de las fases de un algoritmo de simulación

      6. Generación de archivos de entrada (inputs) para la simulación

      7. Correr simulación de DM con NAMD en sus computadoras (continuar asincrónico)

 

Unidad IV: Análisis de las dinámicas moleculares (6 horas)

1. Análisis de simulaciones con Carma

2. Introduccion a Carma

   1.  Descripción de un archivo de entrada

   2. Cálculo y análisis de Desviación cuadrática media( RMSD)

   3. Cálculo y análisis de Radio de giro( RG)

   4. Cálculo y análisis de Fluctuación cuadrática media (RMSF)

   5. Agrupamiento de estructuras

   6. Cálculo y análisis de componentes principales (PCA).

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