Curso práctico sobre identificación y análisis de complejos proteína‑ligando y técnicas computacionales para descubrimiento de fármacos. Cubre: búsqueda en Protein Data Bank y generación de complejos (incl. docking), análisis de interacciones con PLIP (enlaces de hidrógeno, puentes salinos, apilamiento, hidrofobicidad, enlaces de halógeno), visualización y alineamientos en PyMOL (.pse, .pdb, .sdf), creación de modelos de farmacóforo con Pharmit (elementos, agrupamiento, .json) y aplicaciones en cribado virtual, bases de datos (DrugBank, PubChem, colecciones comerciales), reposicionamiento y evaluación ADMET. Perfil de alumnos: estudiantes y profesionales de bioquímica, biología molecular, farmacología, química computacional y áreas afines interesados en descubrimiento de fármacos. Conocimientos previos recomendados: fundamentos de biología molecular y química orgánica, manejo básico de archivos estructurales (.pdb/.sdf) y nociones elementales de informática (uso de programas/servidores web). Habilidades al concluir: recuperar y preparar estructuras; generar y analizar complejos proteína‑ligando; identificar y describir interacciones intermoleculares; crear y aplicar modelos de farmacóforo; realizar cribado virtual en bases de datos y priorizar candidatos considerando propiedades ADMET y similitud estructural.

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TEMARIO

Módulo 1. Protein Data Bank

Complejos Proteína-Ligando

Acoplamientos moleculares como alternativa para la generación de complejos Proteína-Ligando

 

Módulo 2. Interacciones Intermoleculares

Enlaces de hidrógeno

Puentes salinos 

Interacciones de apilamiento 

Interacciones hidrofóbicas

Enlaces de halógeno

Uso del servidor PLIP

 

Módulo 3. Alineamientos estructurales

Uso del programa PyMOL

Archivos .pse de PLIP

Archivos .sdf de ligandos 

Archivo .pdb del receptor 

 

Módulo 4. Modelos de Farmacóforo 

Características electrónicas

Uso del servidor Pharmit

Elementos de farmacóforo

Agrupamiento de elementos 

Archivos .json

Modelos y submodelos

 

Módulo 5. Aplicaciones

Bases de datos grandes y ultra grandes

Drug Bank, PubChem, y Comerciales

Reposicionamiento de Fármacos

Identificación de candidatos

Cribado Virtual

Propiedades ADMET

Similitud estructural 

 

Evaluación final del curso

Nota: Se califica con actividades en rcampùs.com (70%) y actividad final (30%), la constancia se entrega con calificación numérica de 1-10.

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