En el presente curso el alumno aprenderá a hacer un tamizaje virtual para seleccionar una molécula o un conjunto de moléculas a partir de cientos o miles de ellas como el mejor compuesto que es capaz de unirse a un blanco molecular (proteína). Para ello se hará uso de herramientas computacionales y softwares de uso libre como Autodock Vina, pymol, open babel, Autodock Tools, etc.  El uso de este tipo de protocolo para encontrar hits o moléculas con una posible actividad sobre determinado blanco molecular para tratar alguna enfermedad es una estrategia de uso común en el área de desarrollo de fármacos y puede ser de utilidad en otras áreas. 

TEMARIO

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Tema 1: Tamizaje virtual o virtual screening: 

1. Conceptos básicos sobre tamizaje virtual

2. Generalidades sobre acoplamiento virtual

3. Tipos de acoplamiento o docking

4. Protocolos de acoplamiento o docking

Tema 2: Autodock Vina

1. Autodock Vina: ¿Qué es? ¿Para qué sirve?

2. Prerrequisitos necesarios para realizar un virtual screening: Instalación de programas

3. Revisión de los softwares a utilizar en los diferentes sistemas operativos (SO): Windows, Linux

Tema 3: Procesamiento de ligandos

1. Bases de datos principales para obtener ligandos

2. Uso de bases de datos de moléculas pequeñas

3. Procesamiento de los ligandos: cómo convertir los ligandos en diferentes formatos y utilidad de cada uno de ellos.

Tema 4: Procesamiento de blancos moleculares

1. Bases de datos para obtener estructuras de proteínas cristalizadas o algunos programas de modelado molecular. 

2. Preparar una estructura de proteínas o blanco molecular para su posterior uso en el tamizaje: características moleculares y revisión de los diferentes formatos a usar *.pdb, *.pdbqt

Tema 5: Ejecución del tamizaje virtual

1. Aspectos para tener en cuenta en la preparación del Tamizaje virtual.

2. Creación de los archivos de configuración para el screening

3. Edición de los scripts necesarios en perl para realizar el screening.

4. Ejecución del screening usando Autodock Vina en el SO Windows y otro en Linux. 

Tema 6: Análisis de datos

1. Creación de un script en python para poder analizar los datos generados del screening y clasificar los ligandos con mejor afinidad por el blanco molecular. 

2. Análisis de las interacciones ligando-blanco molecular usando diferentes softwares: Autodock Tools y Pymol.

Nota: Se califica con actividades en rcampùs.com (70%) y actividad final (30%), la constancia se entrega con calificación numérica de 1-10.

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