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Diplomado en Docking y Dinámica Molecular

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Duración: 6 meses (150 h), 1 módulo por mes

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Inicio de diplomado: 28 de julio del 2025

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Modalidad: Online: asincrónico https://pharbiois.milaulas.com/

Validez oficial de la red SEP-CONOCER EC0301

Masterclass (webinar): PRÓXIMAMENTE

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Idioma: Español

Profesor: Varios Profesores (información por módulo)
Formación: Doctores en Ciencias.

Reconocimientos: Miembros del Sistema Nacional de Investigadores
Productividad: Información por módulo

acerca del DIPLOMADO

En este diplomado el alumno aprenderá conceptos de estructura de proteínas de 1D-4D, el alumnos manejara conceptos de interacciones ligando-proteína no covalentes, aprenderá a realizar estudios de acoplamiento molecular así como estudios de dinámica molecular de proteínas con ligando, en un entorno de membrana, etc. Es un diplomado de bioinformática estructural teórico-práctico desarrollado de la mano de un profesor-investigador experto con publicaciones científicas Internacionales.

TEMARIO

 

Módulo 1

Visualización y Modelado de Proteínas

(Dr Lenin Domínguez Ramírez, SNI-2)

Presentación

  • I Las ventajas de usar UCSF Chimera para el análisis de estructuras obtenidas por difracción de rayos X

  • II. UCSF Chimera (1.16)

  1. ¿Qué es UCSF Chimera?

  2. ¿Cómo funciona?

  3. ¿Con qué estructuras funciona?

  • III. Ventanas básicas

  1.  Ventana principal

  2.  Ventana de modelos

  3.  Ventana lateral

  4.  Generalidades de otras ventanas

  • IV. Uso del ratón

  1.  Tipo de interacciones con el ratón

  2.  Como modificar la interacción usando el ratón

  3.  Limitaciones

  •  Visualización básica e interacción.

  1.  Listones, hélices, láminas.

  2.  Estructura secundaria por colores

  3.  Átomos, esferas, esferas con escala y más

  • VI. Visualizaciones predefinidas.

  1.  Estructura secundaria

  2.  Todos los átomos.

  3.  Superficie hidrofóbica.

  4.  Siluetas, color de fondo, niebla y más.

  5.  Archivado de imagen.

  6.  Archivado de representación.

  • VII. Etiquetas y colores.

  1.  Selecciones de átomos, residuo, y molécula.

  2.  Etiquetar y configuración de la etiqueta.

  3.  Colores de la selección.

  • VIII. Distancias, puentes de hidrógeno y contactos

  1.  Selección de átomos o centroides.

  2.  Selección de átomos, ínter-molécula o intramolecular.

  3.  Selección he interpretación.

  4.  Archivado.

  • IX. Ángulos, rotameros y choques.

  1.  Selección de átomos.

  2.  Selección y modificación.

  3.  Selección de átomos e interpretación.

  • X. Superficies y atributos.

  1.  Cálculo de superficies

  2.  Representación de superficies

  3.  Mapeo de propiedades a la superficie.

  • XI. Superposición de estructuras y secuencias.

  1.  Superposición de monomeros

  2.  Superposición de multímeros

  3.  Superposición de secuencias

  • XII. Análisis de estructuras, ligandos y heteroátomos.

  1.  Aplicando los principios aprendidos.

  • XIII. Preparación y reparación de estructuras para docking.

  1.  Remoción del solvente.

  2.  Remoción de iones.

  3.  Reemplazo de cadenas laterales.

  4.  Adición de hidrógenos.

  5.  Adición de cargas

  • XIV. Visualización de resultados de docking (autodock, vina o ADFR)

  1.  Autodock Vina

  2.  ViewDock

  • XV. Archivado de resultados.

  1.  Salvado de sesiones.

Módulo 2

Docking Proteína-Ligando con Autodock

(Dr José Correa Basurto, SNI-3)

  • Presentación  (examen diagnóstico)

  • Grupos-funcionales-conformación-configuración

  • Propiedades fisicoquímicas

  • Propiedades ADMET

  • Interacciones-no-covalentes

  • Scoring-Sampling-Function (exploración y cálculo de energía)

  • Preparación-Ligandos-docking

  • Obtención-blanco-para-docking

  • Instalación-Autodock-ADT-preparación-archivos

  • Continuación-preparación-archivos para docking

  • Análisis de resultados de docking

  • Continuación-análisis-docking-validación

  • Validación-docking

  • Validación-docking-final

Módulo 3

Docking Proteína-proteína

(M en C Alberto Domínguez Guillen)

I.- Fundamentos de la Interacción Proteína-Proteína

  • Introducción al docking proteína-proteína

  • Niveles estructurales de las proteínas: primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria

  • Importancia del docking en la biología estructural y el diseño de fármacos

II.-Metodologías de Docking Proteína-Proteína

  • Clasificación de las estrategias de docking

    • Docking ciego

    • Docking dirigido

    • Docking flexible

  • Criterios para seleccionar el método adecuado en predicciones de docking

III.- Técnicas y Herramientas para el Docking Proteína-Proteína

  • Principales enfoques computacionales

  • Introducción a servidores de docking:

    • HDOCK

    • ClusPro

    • FRODOCK 2.0

    • SwarmDock

    • HADDOCK

    • PatchDock

    • SymmDock

IV.- Estudio de docking usando ClusPro

  • Estudio de docking proteína-proteína usando ClusProt

  • Selección de proteínas

  • Entrar al servidor y hacer simulación

V.- Evaluación y Análisis de Resultados

  • Evaluación y selección de modelos predichos

  • Análisis de la interfaz de interacción entre cadenas proteicas

  • Interpretación estructural y validación de predicciones

Módulo 4

Dinámica Molecular de Proteínas en Medio Acuoso

(Dr José Correa Basurto, SNI-3)

  • Presentación.

  •  Estructura de proteínas.

  •  Aplicación de dinámica molecular (DM) en el área farmaceútica.

  • Aplicación de DM en el área biotecnológica.

  • Generalidades sobre Campos de Fuerza (force fields).

  • Conceptos, (RMSD, RMSF, Rg, superficies accesibles a solvente, cambios conformacionales).

  • Ejercicios de visualización con VMD.

  • Archivos requeridos para una DM.

  • Preparación de archivos para correr DM.

  • Minimización de estructura para DM.

  • Simulación de DM en NAMD.

  • Continuación de simulación de DM en NAMD.

  • Análisis de resultados por VMD.

  • Análisis de resultados por CARMA.

  • Continuación de análisis de resultados por CARMA.

  • Actividad final: realizar ejercicio de dinámica molecular usando proteína de su interés

Módulo 5

DINÁMICA MOLECULAR PROTEÍNA-LIGANDO

(Dr Jorge Luis Rosas Trigueros, SNII-1

Presentación del módulo y examen diagnóstico

Unidad I: Conceptos básicos sobre proteínas y membranas ( 3 horas)

  1. Biomoleculas

    • Importancia de las membranas como biomoléculas

    • Importancia de las proteínas como biomoléculas

    • Propiedades y clasificación de los aminoácidos

    • Niveles estructurales de las proteínas

    • Relación estructura y función en las proteínas 

  2. Métodos de determinación estructural de proteínas

    1. Métodos de determinación estructural

      • Cristalografía de rayos X 

      • Resonancia magnética nuclear 

      • Cryo-electro microscopía.

      • Instalación de VMD, NAMD y CARMA (asincrónico)

Unidad II: Dinámicas Moleculares de proteínas transmembranales (6 horas)

  1. Aplicación de la dinámica molecular para el estudio de biomoléculas

  2.  Conceptos sobre dinámicas moleculares

    • Definición de dinámica molecular

    • Descripción general de la metodología

    • Campo de fuerza y parámetros

    • Algoritmos

    • Condiciones periódicas

    • Controles de temperatura y presión

 

Unidad III: Introducción a los programas de dinámica molecular

  1. NAMD

  2. Amber

  3. Gromacs

 

  1. NAMD como paquete de dinámica molecular

    1. Generalidades sobre NAMD

    2. Generación del sistema de simulación

      • Análisis de la estructura inicial

      • Neutralización de la carga del sistema

      • Solvatación del sistema de simulación

      • Establecimiento de la rutina de simulación

      • Descripción de las fases de un algoritmo de simulación

      • Generación de archivos de entrada (inputs) para la simulación

      • Correr simulación de DM con NAMD en sus computadoras (continuar asincrónico)

 

Unidad IV: Análisis de las dinámicas moleculares (6 horas)

  1. Análisis de simulaciones con Carma

  2. Introducción a Carma

    •  Descripción de un archivo de entrada

    • Cálculo y análisis de Desviación cuadrática media( RMSD)

    • Cálculo y análisis de Radio de giro (RG)

    • Cálculo y análisis de Fluctuación cuadrática media (RMSF)

    • Agrupamiento de estructuras

    • Cálculo y análisis de componentes principales (PCA)

    • Análisis de la estructura y dinámica de la membrana

Módulo 6

DINÁMICA MOLECULAR PROTEÍNA-MEMBRANA

(Dr Jorge Luis Rosas Trigueros, SNII-1

Presentación del módulo y examen diagnóstico

Unidad I: Conceptos básicos sobre proteínas ( 3 horas)

  1. Proteínas

    • Las proteínas

    • Importancia de las proteínas como biomoléculas

    • Propiedades y clasificación de los aminoácidos

    • Niveles estructurales de las proteínas

    • Relación estructura y función en las proteínas

 

Unidad II: Dinámicas Moleculares proteínas-ligando (6 horas)

  1. Aplicación de la dinámica molecular para el estudio de biomoléculas

  2. Conceptos sobre dinámicas moleculares

    • Definición de dinámica molecular

    • Descripción general de la metodología

    • Campo de fuerza y parámetros

    • Algoritmos

    • Condiciones periódicas

    • Controles de temperatura y presión

  3. Introdución al programa NAMD (NAMD como paquete de dinámica molecular)

    • Generalidades sobre NAMD

    • Generación del sistema de simulación

    • Análisis de la estructura inicial

    • Neutralización de la carga del sistema

    • Solvatación del sistema de simulación

    • Establecimiento de la rutina de simulación

    • Descripción de las fases de un algoritmo de simulación

    • Generación de archivos de entrada (inputs) para la simulación

    • Hacer ejercicio para correr una dinámica corta

  4. Proteína-Ligando.

 

Unidad III: Análisis de las Dinámicas moleculares (6 horas)

  1. Análisis de simulaciones con Carma

  2. Introducción a Carma

    • Descripción de un archivo de entrada

    • Cálculo y análisis de Desviación cuadrática media( RMSD)

    • Cálculo y análisis de Radio de giro (RG)

    • Cálculo y análisis de Fluctuación cuadrática media (RMSF)

    • Agrupamiento de estructuras

    • Cálculo y análisis de componentes principales (PCA)

    • Cálculo de energía libre de los ligandos en Dinámica molecular

  3. Análisis de datos de dinámica proteína-ligando con VMD

¿Quieres más detalles? descarga el temario en PDF

¿que aprenderás?

PROTEÍNA-LIGANDO

DOCKING

VISUALIZAORES 3D

DINÁMICA MOLECULAR 

Jonathan Manuel

sesiones están bien articuladas

Inversión $6,499 MXN (360 USD)

Ciudad de México, México 

©2021 por Pharmaceutical and Biotechnological Innovation-Services SAS de CV.

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