Diplomado en Docking y Dinámica Molecular
Duración: 4 meses (150 h)
Inicio de diplomado: 10 de febrero del 2025
Modalidad: Online: asincrónico https://pharbiois.milaulas.com/
Validez oficial/curricular de la red SEP-CONOCER EC0301
Masterclass (webinar): PRÓXIMAMENTE
Idioma: Español
acerca del DIPLOMADO
En este diplomado el alumno aprenderá conceptos de estructura de proteínas de 1D-4D, el alumnos manejara conceptos de interacciones ligando-proteína no covalentes, aprenderá a realizar estudios de acoplamiento molecular así como estudios de dinámica molecular de proteínas con ligando, en un entorno de membrana, etc. Es un diplomado de bioinformática estructural teórico-práctico desarrollado de la mano de un profesor-investigador experto con publicaciones científicas Internacionales.
TEMARIO
Módulo 1
VISUALIZADORES DE PROTEÍNAS EN 3D
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Bienvenida e introducción a la bioinformática
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Herramientas de apoyo para preparación de archivos y análisis de resultados
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Introducción a los visualizadores 3D de proteínas: https://www.rcsb.org/docs/additional-resources/molecular-graphics-software
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Instalación de PyMol
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Ejercicios de visualización en PyMol
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Instalación de Chimera
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Ejercicios de visualización en Chimera
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Instalación de VMD
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Ejercicios de visualización en VMD
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Instalación de accelrys-discovery
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Ejercicios de visualización en accelrys-discovery
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Instalación de Swiss-PdbViewer
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Ejercicios de visualización en Swiss-PdbViewer
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Instalación de maestro
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Ejercicios de visualización en maestro
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Instalación de marvin
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Ejercicios de visualización en marvin
Módulo 2
DOCKING LIGANDO-PROTEÍNA
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Propiedades fisicoquímicas de ligandos
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Propiedades ADMET de ligandos
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Bases de datos de ligandos
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Dibujo en 2D y 3D de ligandos em software gratuito
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Interacciones no covalentes
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Estructura primaria de proteínas
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Estructura secundaria de proteínas
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Estructura terciaria de proteínas
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Bases de datos de proteínas
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Instalación de autodock tools
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Instalación de autogrid y autodock
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Preparación de archivos
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Simulación de docking
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Análisis de resultados de docking
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Generación de figuras en Pymol del complejo ligando-proteína
Módulo 3
DOCKING PROTEÍNA-PROTEÍN
Introducción a Docking proteína-proteína
estructura de proteínas (primaria, secundaria, terciaria)
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Introducción a Docking proteína-proteína.
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Clasificación de metodologías de Docking proteína-proteína.
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Docking ciego
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Docking Dirigido
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Docking Flexible
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¿Qué tipo de método utilizar en la predicción de Docking proteína-proteína?
Técnicas de predicción de Docking de proteínas-proteínas.
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Docking proteína-proteína empleando los servidores
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HDOCK
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ClusPro
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FRODOCK 2.0
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SwarmDock
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HADDOCK
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PatchDock
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SymmDock
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Evaluación y análisis de los Docking proteína-proteína.
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Evaluación y selección de los modelos predichos.
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Análisis de la interfase entre las cadenas proteicas.
Módulo 4
DINÁMICA MOLECULAR PROTEÍNA-AGUA
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Descripción química de un aminoácido
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Clasificación de aminoácidos
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Descripción del enlace peptídico
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Angulos planos
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Angulos diedros
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mapas de Ramachandran
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Análisis de formato PDB
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Coordenadas de aminoaácidos
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factor B de un cristal
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Descripción de RMSD
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Descripción de RMSF
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Descripción de radio de giro
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Instalación de NAMD
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Preparación de archivo de proteína para dinámica molecular
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Simulación de dinámica molecular
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Análisis de resultados de dinámica molecular en VMD
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Análisis de resultados de dinámica molecular en CARMA
Módulo 5
DINÁMICA MOLECULAR PROTEÍNA-LIGANDO
Conceptos básicos sobre proteínas
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Proteínas
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Las proteínas
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Importancia de las proteínas como biomoleculas
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Propiedades y clasificación de los aminoácidos
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Niveles estructurales de las proteínas
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Relación estructura y función en las proteínas
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Dinámicas Moleculares proteínas-ligando
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Aplicación de la dinámica molecular para el estudio de biomoleculas
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Conceptos sobre dinámicas moleculares
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Definicion de dinámica molecular
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Descripción general de la metodología
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Campo de fuerza y parámetros
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Algoritmos
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Condiciones periódicas
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Controles de temperatura y presión
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Introdución al programa NAMD
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NAMD como paquete de dinamica molecular
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Generalidades sobre NAMD
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Generación del sistema de simulación
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Análisis de la estructura inicial
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Neutralización de la carga del sistema
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Solvatación del sistema de simulación
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Establecimiento de la rutina de simulación
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Descripción de las fases de un algoritmo de simulación
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Generación de archivos de entrada (inputs) para la simulación
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Hacer ejercicio para correr una dinámica corta
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Proteína-Ligando.
Análisis de las Dinámicas moleculares
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Análisis de simulaciones con Carma
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Introducción a Carma
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Descripción de un archivo de entrada
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Cálculo y análisis de Desviación cuadrática media( RMSD)
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Cálculo y análisis de Radio de giro( RG)
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Cálculo y análisis de Fluctuación cuadrática media (RMSF)
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Agrupamiento de estructuras
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Cálculo y análisis de componentes principales (PCA)
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Cálculo de energía libre de los ligandos en Dinámica molecular
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Análisis de datos de dinámica proteína-ligando con VMD
Módulo 6
DINÁMICA MOLECULAR PROTEÍNA-MEMBRANA
Conceptos básicos sobre proteínas y membranas
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Biomoleculas
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Importancia de las membranas como biomoleculas
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Importancia de las proteínas como biomoleculas
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Propiedades y clasificación de los aminoácidos
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Niveles estructurales de las proteínas
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Relación estructura y función en las proteínas
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Métodos de determinación estructural de proteínas
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Métodos de determinación estructural
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Cristalografía de rayos X
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Resonancia magnética nuclear
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Cryo-electro microscopía.
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Instalación de VMD, NAMD y CARMA (asincrónico)
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Dinámicas Moleculares proteínas transmembranales
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Aplicación de la dinámica molecular para el estudio de biomoleculas
-
Conceptos sobre dinámicas moleculares
-
Definicion de dinámica molecular
-
Descripción general de la metodología
-
Campo de fuerza y parámetros
-
Algoritmos
-
Condiciones periódicas
-
Controles de temperatura y presión
-
Introducción a los programas de dinámica molecular
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NAMD
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Amber
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Gromacs
-
NAMD como paquete de dinamica molecular
-
Generalidades sobre NAMD
-
Generación del sistema de simulación
-
Análisis de la estructura inicial
-
Neutralización de la carga del sistema
-
Solvatación del sistema de simulación
-
Establecimiento de la rutina de simulación
-
Descripción de las fases de un algoritmo de simulación
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Generación y preparación de archivos de entrada (inputs) para la simulación.
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Correr simulación de DM con NAMD en sus computadoras (continuar asincrónico)
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Análisis de las dinámicas moleculares
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Análisis de simulaciones con Carma
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Introducción a Carma
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Descripción de un archivo de entrada
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Cálculo y análisis de Desviación cuadrática media( RMSD)
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Cálculo y análisis de Radio de giro( RG)
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Cálculo y análisis de Fluctuación cuadrática media (RMSF)
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Agrupamiento (clusters) de estructuras
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Cálculo y análisis de componentes principales (PCA)
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