Este curso te permitirá aprender conceptos sobre estructura de proteínas, ligandos, campos de fuerza, e interacciones no covalentes proteína-ligando, cambios conformacionales, preparar tu sistema para correr dinámica molecular proteína-ligando, correr tu simulación, analizar tus resultados cómo rmsd, Rg, rmsf, interacciones no covalentes proteína-ligando, calculó de energía, etc.

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TEMARIO

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Unidad I: Conceptos básicos sobre proteínas ( 3 horas)

 

1. Proteínas

   1. Las proteínas

   2. Importancia de las proteínas como biomoléculas

   3. Propiedades y clasificación de los aminoácidos

   4. Niveles estructurales de las proteínas

   5. Relación estructura y función en las proteínas

 

 

Unidad II: Dinámicas Moleculares proteínas-ligando (6 horas)

 

1. Aplicación de la dinámica molecular para el estudio de biomoléculas

2. Conceptos sobre dinámicas moleculares

   1. Definición de dinamica molecular

   2. Descripción general de la metodología

   3. Campo de fuerza y parametros

   4. Algoritmos

   5. Condiciones periódicas

   6. Controles de temperatura y presión

3. Introdución al programa NAMD

 

1. NAMD como paquete de dinamica molecular

   1. Generalidades sobre NAMD

   2. Generación del sistema de simulación

   3. Análisis de la estructura inicial

   4. Neutralización de la carga del sistema

   5. Solvatación del sistema de simulación

   6. Establecimiento de la rutina de simulación

   7. Descripción de las fases de un algoritmo de simulación

   8. Generación de archivos de entrada (inputs) para la simulación

   9. Hacer ejercicio para correr una dinámica corta

2. Proteína-Ligando.

 

Unidad III: Análisis de las Dinámicas moleculares (6 horas)

 

1. Análisis de simulaciones con Carma

2. Introducción a Carma

   1. Descripción de un archivo de entrada

   2. Cálculo y análisis de Desviación cuadrática media( RMSD)

   3. Cálculo y análisis de Radio de giro( RG)

   4. Cálculo y análisis de Fluctuación cuadrática media (RMSF)

   5. Agrupamiento de estructuras

   6. Cálculo y análisis de componentes principales (PCA)

   7. Cálculo de energía libre de los ligandos en Dinámica molecular

3. Análisis de datos de dinámica proteína-ligando con VMD

 

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