Sobre el curso

En este curso aprenderás a preparar archivos y hacer análisis de resultados de acoplamiento molecular proteína-ligando mediante la plataforma ADFR (AutoDock for Flexible Receptors), programa  sucesor de Autodock y Autodock vina.

Programa

1. Presentación

A. Interacciones proteína ligando, cambios conformaciones y catálisis

II. Línea de comandos básica

A. Determinar la ubicación de los archivos

B. Listar los archivos

C. Visualización básica

D. Nomenclaturas recomendadas

E. Trabajo remoto

III. Introducción a ADFR

A. ¿Qué es AGFR/ADFR?

B. ¿Por qué ADFR?

C. Ventajas y limitaciones

IV. Obtención de los archivos básicos

A. RCSB, base de datos de proteínas

B. Estructuras determinadas por rayos X

C. UCSF Zinc

1. Estructuras novedosas (Avogadro)

V. Validación energética (Avogadro y UCSF Chimera)

A. Remoción de heteroátomos

B. Remoción de moléculas de agua

C. Conformaciones alternativas de cadenas laterales

D. Fragmentos ausentes y numeración de la secuencia

E. Minimización de energía (proteínas, UCSF Chimera)

F. MInimización de energía (ligandos, Avogadro)

VI. Estructura de los archivos de docking

A. PDBQT de proteína

B. PDBQT de ligando

VII. Preparación de los archivos de entrada (línea de comandos)

A. prepare_receptor

B. prepare_ligand

VIII.AGFRGUI

A. Receptor

B. Caja (acoplamiento ciego)

C. Cavidades

D. Ligando (acoplamiento dirigido)

E. Átomos representados en las mallas de docking

IX. Acoplamiento de proteína rígida

A. ADFR

B. Nombre del “trabajo”

C. Número de ejecuciones

D. Número de evaluaciones

E. Número de núcleos a usar

X. Controles negativos

A. ¿Qué son?

B. ¿Quienes son?

C. Limitaciones

XI. Controles positivos

A. ¿Quienes son?

B. Limitaciones

XII. Estadística y convergencia

A. Análisis y visualización de los resultados

XIII.Acoplamiento de proteína con cadenas laterales flexibles.

A. ¿Cómo hacerlo?

B. ¿Por qué hacerlo?

C. Precauciones

XIV.Análisis visual en UCSF Chimera

A. Tips y trucos para usar los archivos PDBQT

XV. Actividad Final

Nota: Se califica con actividades en rcampùs.com (70%) y ejercicio final (30%), la constancia se entrega con calificación numérica de 1-10.

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