En este curso se aboradan conceptos de secuencias y estructura de proteínas (construcción y búsqueda), campos de fuerza (force fields), preparación de archivos para correr una dinamica molecular, hacer la simulación usando el programa NAMD en su computadora y análisis de los resultados con VMD y el programa CARMA. 

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TEMARIO

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1.     Presentación.

2.     Estructura de proteínas.

3.     Aplicación de dinámica molecular (DM) en el área farmaceútica.

4.     Aplicación de DM en el área biotecnológica.

5.     Generalidades sobre Campos de Fuerza (force fields).

6.     Conceptos, (RMSD, RMSF, Rg, superficies accesibles a solvente, cambios conformacionales).

7.     Ejercicios de visualización con VMD.

8.     Archivos requeridos para una DM.

9.     Preparación de archivos para correr DM.

10.  Minimización de estructura para DM.

11.  Simulación de DM en NAMD.

12.  Continuación de simulación de DM en NAMD.

13.  Análisis de resultados por VMD.

14.  Análisis de resultados por CARMA.

15.  Continuación de análisis de resultados por CARMA (actividad final).

Nota: Se califica con actividades en rcampùs.com (70%) y ejercicio final (30%), la constancia se entrega con calificación numérica de 1-10.

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